Perioada domniei lui Alexandru Ioan Cuza a reprezentat un moment de răscruce pentru Biserica Ortodoxă Română, care se lupta din răsputeri să-și dobândească independența față de Patriarhia de Constantinopol.
Înfăptuitorul Micii Uniri a Moldovei cu Țara Românească de la 1859 era ferm hotărât să redea țării pământurile înstrăinate prin numeroasele danii făcute, cu voie sau de nevoie, locurilor sfinte de la Răsărit: Sfântul Munte Athos, Mănăstirea de la Meteora, Patriarhiile de Constantinopol, Ierusalim, Antiohia, Alexandria.
Pentru răscumpărarea acestor pământuri Cuza oferise inițial circa 30 milioane de franci, o sumă fabuloasă pentru acele vremuri, pe care era dispus să o achite în rate. Deși tentați de această sumă colosală, grecii au refuzat oferta. Bucureştiul a crescut oferta, însă călugării greci au refuzat. Sperând la mai mult, până la urmă nu s-au ales cu nimic.
Mai mult, aceștia au încercat o alianță neortodoxă cu Înalta Poartă prin care își doreau să-și păstreze întinsele suprafețe funciare și forestiere românești. Turcii aveau tot interesul ca grecii să nu-și piardă daniile în Țările Române pentru că, astfel, aveau și ei de unde să strângă sumele mense de bani impuse acestora după cucerirea Constantinopolului și a celorlalte patriarhii apostolice.
În acest context, potrivit historia.ro, Principele Cuza, un susţinător ardent al statului secular, a fost nevoit, chiar la începutul domniei sale, să dea o lege prin care dorea să aducă Biserica Ortodoxă sub supravegherea statului.
În ciuda faptului că marile puteri învecinate, în frunte cu Imperiul Otoman, s-au opus, Cuza a adoptat în decembrie 1863, cu o majoritate de 93 de voturi pentru și trei împotrivă, Legea secularizării averilor mănăstirești. Prin această lege, toate proprietățile bisericilor și mănăstirilior neînchinate aveau să treacă în proprietatea statului cu scopul „sporirii avuției țării”.
Prin Legea secularizării averilor mănăstireşti, statul reintra în posesia a circa un sfert din teritoriul naţional. Primul articol al legii spunea că „toate averile mănăstireşti din România sunt şi rămân ale statului”. Al doilea articol prevedea ca veniturile mănăstirilor să devină venituri ale bugetului de stat. Astfel, Biserica Ortodoxă era văduvită de autonomie financiară.
Până la Primul Război Mondial, prin legi succesive, preoţii aveau să fie transformaţi în slujbaşi ai statului. Legea mai prevedea, de asemenea, angajamentul statului român de a plăti călugărilor greci o despăgubire în valoare de 82 de milioane de lei. Din aceasta, după plata tuturor dărilor restante către stat, ar mai fu rămas 31 de milioane de lei.
Guvernul român avea în vedere doar deposedarea mănăstirilor închinate. Însă, legea votată în decembrie 1863 lua în calcul averile tuturor lăcașelor sfinte, închinate şi neînchinate. Confiscarea averilor celor din urmă a fost socotită de ierarhii din ţară drept un abuz, iar guvernul și-a motivat acest gest prin teama de a nu fi acuzaţi de discriminare.
La momentul respectiv, averea funciară a Principatelor era uriașă. Astfel, în Țara Românească mănăstirile închinate şi neînchinate dețineau 27,69%, adică mai mult de un sfert din întreaga suprafaţă rurală a ţării, iar în Moldova mănăstirile dețineau 22,33% din suprafața rurală, adică mai puțin de un sfert.
Legea secularizării averilor mănăstireşti votată în decembrie 1863 a avut și o importanță politico-strategică. Astfel, ea marca ruperea brutală de moștenirea greacă, bizantină, atât din punct de vedere politic, cât și cultural și, pe baza principiilor venite din Franța, de atașare la valorile occidentale.
De asemenea, această lege i-ar fi putut fi fatală lui Alexandru Ioan Cuza. Rămași până la urmă fără bani, grecii au lansat o campanie dură împotriva domnitorului român și a Principatelor unite. Ei au mers până acolo încât, la inițiativa arhimandritului Nylos, au pus la cale un plan diabolic pentru asasinarea lui Cuza, în anul 1864. Intenția lor a fost blocată de agenții secreți români de la Constantinopol, care au aflat de plan și l-au alertat la timp pe domnitor.
